Jag accepterar att kakor lagras på min dator

Läs mer

Identification and screening of Francisella tularensis indel markers.

Identification and screening of Francisella tularensis indel markers. Beställ tryckt exemplar Lägg i kundvagnen
Författare: Guala Dimitri
Ort: Umeå
Sidor: 31
Utgivningsår: 2005
Publiceringsdatum: 2005-01-01
Rapportnummer: (FOI-R--1700--SE)
Nyckelord Francisella tularensis, tularemi, harpest, markörer, indel, fylogeni, underarter, systematisk undersökning
Keywords Francisella tularensis, tularemia, rabbit fever, markers, indel, phylogeny, subspecies, screening
Sammanfattning En ny metod, baserad på genetiska markörer i form av tidigare oanvända likheter och skillnader på DNA-nivå, har tagits fram. Dessa markörer, bestående av insertioner och deletioner av DNA-sekvenser, hittades och identifierades med hjälp av en rad bioinformatiska sökverktyg tillämpade på fyra F. tularensis genom. Därefter undersöktes och klassificerades ett antal av F. tularensis bakteriestammar med avseende på de hittade markörerna. Släktskapsindelningen överensstämde med tidigare resultat. Dessutom kunde en tidigare identifierad, men icke-inplacerad underart, mediasiatica, positioneras i släktskapsträdet samt misstankarna om att de japanska stammarna av underarten holarctica bildar en egen underart, bekräftas. Unika markörer för de olika grupperingarna kunde också fastställas. I framtiden kommer ytterligare indelmarkörer att tillämpas i undersökningen av fler stammar av F. tularensis. En förhoppning är att indelmarkörerna, i kombination med andra typningsmarkörer, ska utgöra ett standardverktyg för pålitlig identifiering av stammar samt fastställandet av släktskapsförhållanden inom och mellan bakterieunderarter och på så sätt bidra till ökad förståelse för bakteriell evolution. Denna studie har således resulterat i att nya genetiska markörer för korrekt identifiering av F. tularensis underarter samt visat att dessa markörer kan användas för att på ett säkert sätt kunna bestämma släktskapsförhållandet inom Francisellaceae.
Abstract In silico search for and identification of new types of markers for phylogenic relation studies of Francisella tularensis, the causative agent of tularemia, and PCR screening of twenty-four representative strains of the pathogen, allowed for correct identification of F. tularensis subspecies and groups. The insertion/deletion (indel) markers were able to confirm earlier findings of a phylogenetic relationship between the subspecies of F. tularensis and further extend the phylogeny by positioning F. tularensis ssp. mediasiatica in the phylogenetic tree of F. tularensis. The data also supports previous suspicions that the Japanese strains of F. tularensis ssp. holarctica should be considered a separate subspecies. Some of the markers also suggest possible horizontal gene transfer between the subspcies of F. tularensis. Future developments will consists in screening of additional indel markers in additional strains of F. tularensis and combination with results from other typing methods in the hope of providing the standard future tool for fast and reliable strain identification and phylogenetic analysis. In conclusion, indel markers appear to have suitable discriminatory capabilities for reliable subspecial identification and correct phylogenetic inference within Francisellaceae.

Kundvagn

Inga rapporter i kundvagnen

FOI, Totalförsvarets forskningsinstitut

FOI
Totalförsvarets forskningsinstitut
164 90 Stockholm

Tel: 08-555 030 00
Fax: 08-555 031 00

Orgnr: 202100-5182